Zavod za školstvo Mostar kao posebna upravna organizacija obavlja stručno-pedagoške, upravne i druge poslove u odgojno-obrazovnim ustanovama koje rade po nastavnom planu i programu na hrvatskom jeziku u oblasti predškolskog odgoja i naobrazbe, osnovnog, srednjeg i obrazovanje za djecu s posebnim potrebama, a koje se odnosi na:
Izradu prijedloga nastavnih planova i programa za predškolsko, obrazovanje za djecu s posebnim potrebama, osnovno i srednje obrazovanje.
Praćenje primjene propisanih nastavnih planova i programa, udžbenika i priručnika, pedagoških standarda i normativa u praksi i predlaganje izmjena i dopuna istih.
Ostvarivanje stručno-pedagoškog nadzora u izvođenju nastave i drugih oblika organiziranog rada prosvjetnih djelatnika, stručnih suradnika i ravnatelja ustanova.
Donošenje metodologije izrade i realizacije godišnjih programa rada odgojno-obrazovnih ustanova.
Izradu prijedloga popisa udžbenika za opće i strukovne škole.
Izrada prijedloga školskog kalendara za školsku godinu.
Izrada stručnih naputaka za rad i neposrednu stručnu pomoć odgojno-obrazovnim ustanovama i prosvjetnim djelatnicima.
Skrb i pomoć pri uvođenju odgajatelja, nastavnika i stručnih suradnika u odgojno-obrazovni proces.
Izrada prijedloga programa stručnog usavršavanja prosvjetnih djelatnika i stručnih suradnika odgojno-obrazovnih ustanova.
Donošenje programa stručnog usavršavanja djelatnika i stručnih suradnika Zavoda.
Stvaranje baze podataka u cilju evaluacije obrazovnog procesa.
Aktivno sudjelovanje u reformi općeg i strukovnog odgoja i obrazovanja.
Izdavanje stručnih časopisa i publikacija.
Izrada prijedloga provedbenih propisa iz djelokruga nadležnosti Zavoda.
Sudjelovanje u obavljanju stručnih ispita sukladno odredbama pravilnika županijskih ministarstava prosvjete, znanosti, kulture i športa.
Izrada izvješća, analiza i drugih stručnih poslova za potrebe Ministarstva prosvjete, znanosti, kulture i športa HNŽ.
Obavljanje i drugih poslova od važnosti za obavljanje djelatnosti i poslovanje Zavoda sukladno zakonu.